Уже на второй день после известных событий 7 апреля, Генеральная прокуратура Молдовы возбудила уголовное дело по статье "Попытка свержения власти, осуществление государственного переворота и узурпация власти". Коммунистические власти возложили вину за беспорядки в Кишиневе на лидеров оппозиции.

Владимир Воронин заявил, что "они должны ответить перед законом и, вместо того, чтобы стать депутатами парламента, могут оказаться в другом месте". В июне 2009–го прокуратура Молдовы возбудила уголовное дело против мэра Кишинева Дорина Киртоакэ. Заместителя председателя оппозиционной Либеральной партии обвинили в попытке захвата власти, а также в организации массовых беспорядков, произошедших в Кишиневе 6-7 апреля. Мэр был допрошен в прокуратуре. Его не стали арестовывать, но предупредили, что в любой момент могут вызвать для дачи показаний. После прихода к власти Альянса за европейскую интеграцию все обвинения с лидеров оппозиции были сняты. Уголовное преследование Дорина Киртоакэ было прекращено в ноябре из-за отсутствия в его в действиях состава преступления. В тоже время бывшие лидеры коммунистической власти отчитались на допросах в Генеральной прокуратуре по поводу кишиневских беспорядков.

В декабре 2009 были возбуждены уголовные дела против экс-министра внутренних дел республики Георгия Папука и бывшего генерального комиссара полиции Кишинева Владимира Ботнаря - "за халатное отношение к служебным обязанностям, которое привело к серьезным последствиям". Им грозит крупный штраф или тюремное заключение сроком до шести лет. В ходе допросов в прокуратуре Папук сообщил, что «все действия полиции в ходе апрельских беспорядков были скоординированы с бывшим президентом Владимиром Ворониным».