Железнодорожные проблемы в приднестровском регионе начались летом 2004 года. Их спровоцировало постановление правительства Молдовы, согласно которому все предприятия Приднестровья должны были регистрироваться в таможенных органах Правобережья.

Ответом приднестровской стороны стало задержание 1 августа 2004 в Рыбнице поезда, следующего в Кишинев. 2 августа на территории Молдовы были задержаны 4 товарных состава, направлявшихся в Приднестровье. Движение поездов по территории Приднестровья было прекращено с 3 по 5 августа 2004. Позже стороны договорились об открытии пути для поезда "Кишинев-Одесса". Но в 2006 году этот рейс был окончательно отменен. Ответным шагом Приднестровья стало решение создать собственное предприятие - "Приднестровская железная дорога".

В марте 2006 года Кишинев ввел новые таможенные правила на приднестровской границе. Украина их поддержала, запретив пропускать грузы без таможенного разрешения Молдовы. С тех пор движение по 40-километровому участку пути прекратилось. Все транзитные грузопотоки руководство Железной дороги Молдовы направило в обход Приднестровья, через север Молдовы. Было отменено движение пассажирских поездов "Кишинев-Рени", "Кишинев-Одесса", "Кишинев-Ивано-Франковск".

В декабре 2006 года руководители транспортных ведомств России, Украины и Молдовы подписали протокол о возобновлении движения пассажирских поездов между Россией и Молдовой через приднестровский участок железной дороги. С 16 декабря 2006 года в Молдову прибыл первый за 9 месяцев пассажирский поезд "Москва-Кишинев". Остальные грузовые и пассажирские поезда по-прежнему следуют через север Молдовы.

В апреле 2008 года состоялись две встречи, на которых обсуждалась железнодорожная проблема – в Одессе, в рамках семинара ОБСЕ и в Бендерах, в ходе встречи рабочих групп. Никаких договоренностей достигнуто не было.