Гагаузия является автономным территориальным образованием в составе Молдовы с особым правовым статусом. Власти автономии, в пределах своей компетенции, решают вопросы политического, экономического и культурного характера. 

Высшим должностным лицом Гагаузии является башкан. Он избирается сроком на 4 года путем всеобщего голосования. Президентским указом, глава Гагаузии утверждается членом правительства Молдовы.

Законодательный орган автономии - Народное собрание, у которого есть право выдвигать законодательные инициативы в парламенте страны. В Народном собрании 35 депутатов, избираемых сроком на четыре года. К компетенции Народного собрания относится принятие нормативных актов, а также участие в осуществлении внутренней и внешней политики Молдовы по вопросам, касающихся интересов Гагаузии.

Постоянно действующим исполнительным органом автономии является Исполнительный комитет, который утверждается Народным собранием также на четырехлетний срок. Им руководит башкан автономии.

Центральная избирательная комиссия занимается организацией и проведением выборов на территории региона. Состав ЦИКа утверждается Народным собранием, а девять членов учреждения являются представителями законодательной, исполнительной и судебной власти.

Основным законом автономного территориального образования является Уложение Гагаузии.