Конституция Республики Молдова вступила в силу 27 августа 1994 года. В Основной закон периодически вносились поправки, но некоторые споры и разногласия так и остались неразрешёнными.

Самая важная поправка в Конституцию была внесена в июле 2000 года. С тех пор президент страны избирается парламентом. После двух неудачных попыток избрать президента в декабре 2009 года, представители Альянса за европейскую интеграции попытались пересмотреть статью 78 Конституции, которая определяет процедуру избрания главы государства. 5 сентября 2010 года обсуждение этой статьи было вынесено на референдум, однако он был признан несостоявшимся. Депутаты так и не пришли к консенсусу по вопросу изменения процедуры избрания президента.

Другим предметом спора для политиков ещё с момента обретения независимости стал официальный язык страны. В Декларации о независимости говорится, что разговорным и письменным языком является румынский, Конституция гласит, что государственным языком является молдавский. Было предпринято несколько попыток внести изменения в статью 13 Основного закона, которая определяет понятие государственного языка, однако всё закончилось безрезультатно.

В 2003 году были внесены поправки в 111 статью Конституции о правовом статусе Гагаузской автономии. С тех пор в Гагаузии действуют органы власти, которые самостоятельно, в пределах своей компетенции, в соответствии с положениями Конституции Республики Молдова, решают вопросы политического, экономического и культурного характера в интересах всего населения.