Глава Гагаузии является высшим должностным лицом автономии. Ему подчиняются все региональные органы публичного управления и он представляет автономию на территории Молдовы.

Башкан избирается в ходе всеобщих выборов на четыре года на альтернативной основе, не более двух сроков подряд. Он должен быть гражданином Республики Молдова. Президентским указом башкан назначается членом Правительства.

Первые выборы башкана Гагаузии состоялись в мае 1995 года. Основанием для них стало Временное положение о выборах главы автономии, которое молдавское правительство приняло несколькими месяцами раньше.

Первым руководителем автономии стал Георгий Табунщик. Он одержал победу над Михаилом Кендигеляном, набрав 64 процента голосов.

В августе 1999 года на этом посту его сменил Дмитрий Кроитор. После 2001 года деятельность главы администрации подвергалась постоянной политической обструкции.  Кроитора обвиняли в злоупотреблении властью и отношениях с руководством Приднестровья. Позже по итогам местного референдума его сняли с должности. В этот период обязанности башкана примерно по месяцу исполняли Валерий Яниогло, Иван Кристиогло и Георгий Молла.

20 октября 2002 года в автономии прошли повторные выборы, в которых вновь победил Георгий Табунщик. Четыре года спустя Гагаузию возглавил Михаил Формузал. Его мандат истёк 14 февраля 2015 года.