Глава Гагаузии является высшим должностным лицом автономии. Ему подчиняются все органы публичного управления Гагаузии. Башкан избирается на четыре года на альтернативной основе, не более двух сроков подряд. Он представляет автономию на территории Молдовы и на международном уровне.

Впервые выборы башкана Гагаузии состоялись в мае 1995 года. Тогда руководителем автономии стал Георгий Табунщик. В августе 1999 года на этом посту его сменил Дмитрий Кроитор. Период его пребывания в этой должности совпал с приходом к власти в Молдове Партии коммунистов. После 2001 года его обвинили в злоупотреблении властью. Группа в составе 21 депутата Народного собрания Гагаузии проголосовала за вынесение вотума недоверия главе автономии и назначила на 24 февраля 2002 года референдум об отзыве Кроитора с должности.

В этот день большинство избирательных участков были закрыты, местные власти автономии приняли меры по срыву референдума. Под внутренним давлением, а также под прессингом центральных властей, Кроитор подает в отставку. 6 октября 2002 года проходят досрочные выборы главы автономии. Явка избирателей была низкой, поэтому выборы были признаны несостоявшимися. 20 октября 2002 проводятся повторные выборы. Победу в них одержал Георгий Табунщик. По результатам выборов 17 декабря 2006 года, автономно-территориальное образование Гагаузия возглавил Михаил Формузал.