С тех пор как Центральная избирательная комиссия обрела статус постоянно действующего госоргана, во главе учреждения находились четыре председателя. Дольше всех эту должность занимал Евгений Штирбу. Его мандат даже пришлось продлить на несколько месяцев, так как срок его действия истек во время избирательной кампании. 

Первым председателем Центризбиркома был Дмитрий Неделку. Он руководил учреждением с 1997 по 2003 годы. Его приемниками были судьи Евгений Клим из Кишиневской апелляционной палаты и Перт Рэйлян из Конституционного суда. Оба занимали кресло председателя ЦИК по году. Тем не менее, о полученном опыте ни один из них не жалеет.

«Я рад, что мне представилась возможность возглавлять ЦИК. Был бы рад, если кто-то оценит, что за столь короткий срок я способствовал нормальной работе этого учреждения», - сказал Евгений Клим.

«Мне оказали доверие, предоставив столь ответственную должность. Думаю, что вместе со своей командой я с задачей справился. На мой взгляд, я не допускал никаких ошибок. Конечно же, мы подвергались нападкам со стороны политиков. Особенно я переживал в день выборов, но считаю, что добился хорошего результата», - отметил Перт Рэйлян.

С 2005-го по 2011-й годы ЦИКом руководил Евгений Штирбу.

«Это был очень интересный период, потому что у меня была возможность себя проявить. Получил удовольствие от своей работы и мое кредо осталось прежним: глава ЦИК должен занимать беспристрастную позицию и руководствоваться исключительно избирательным кодексом и Конституцией», - сообщил Евгений Штирбу.

С 2011 года Центральной избирательной комиссией руководит Юрий Чокан.

До 1997 года, когда ЦИК обрел постоянный статус, учреждение возглавляли поочередно три председателя, в числе которых был и действующий глава государства Николай Тимофти.